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北航联合华西病院研发结核低成本快速筛查生物芯片_分枝_样本

少女玫瑰心 2024-10-03 19:45:45 0

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如今,双方再次携手,这次他们要帮助的工具,是我国中西部地区穷苦山区,例如,四川大凉山穷苦地区的结核病人。
这些地方,结核杆菌引起的呼吸道疾病依然比较严重,且成为一种致命性盛行病。
结核病,是由结核分枝杆菌引起的传染病,也是致去世率最高的单传染病原体之一。
据天下卫生组织统计,2019年结核病导致1000多万新传染病例,140万人去世亡。
因此,快速准确诊断疑似结核病携带者的方法,仍旧是抑制其传播的关键。
要想判断是否患有这种疾病,就得进行结核杆菌检测,这时就须要大型核酸检测设备。
但这种仪器价格昂贵,对实验室和专业职员的哀求都比较高,一样平常都局限在三甲医院考验科,很难运用在偏远地区。

这些成分都阻碍了却核病在偏远地区的快速筛查诊断。
因此,急迫须要设计低本钱、易于操作且准确的平台来弥合这一差距。

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经由一年多的研发和验证,常凌乾及团队制造出一种低本钱、便携式的微流控装置,并给其命名为Fd-MC(finger-driven disposable micro-platform )。
这种既不须要电,也不须要额外设备,此外还得价格便宜、测试快速,总之统统都要以大略为主。

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(图片来自网络侵删)

这种装置同时具备低本钱、便携、手指驱动等特点,并搭载重组酶聚合酶核酸等温扩增技能,集核酸提取、扩 增、检测于一体,可对痰液样本中的结核杆菌实现便携现场快速检测。
只需动动手指,就能在一个完备分离的微通道中,完成完全的结核病诊断过程。

日前,干系论文已由互助双方发在Biosensors &Bioelectrnics(IF: 10.6)上,论文题为 《基于等温扩增的手指驱动一次性微平台在结核病多点诊断中的运用》(A finger-driven disposable micro-platform based on isothermal amplification for the application of multiplexed and point-of-care diagnosis of tuberculosis) 。
第一作者是北航博士生王之莹,共同通讯作者分别是北航常凌乾教授、以及华西医院考验科主任应斌武教授。

图 | 干系论文(来源:受访者)

可摆脱对电力、外部泵的依赖

Fd-MC大约有手掌那么大,长度55mm、宽度66mm、厚度5mm,上面有一个直径1.6mm的样品注入孔,还有两个用于存储相应缓冲液的圆柱形腔,以及用于DNA提取的微通道。

芯片基底采取聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)进行激光刻蚀,并在缓冲液储存室的上表面覆盖弹性膜。
当按压弹性膜时,可直接驱动液体在微流道中流动,从而可摆脱对电力、外部泵的依赖。

此外,在芯片上设计了“W”形通道的DNA提取区,并在内部添补二氧化硅颗粒,基于二氧化硅对病原体的核酸进行固相萃取。
当样品进入到微通道与硅粒子稠浊时,在高浓度的盐离子浸染下,样品中带负电荷的DNA分子通过阳离子盐桥与硅粒子结合,从而被吸附于二氧化硅珠上。

研究中,常凌乾团队采取基于FAM探针的原位荧光策略,通过手持式紫外灯,可用肉眼读取芯片的结果。
因此在避免传染或环境污染的风险方面,Fd-MC具有独特的上风。

在检测区,常凌乾团队设计了5个平行的“y形”反应区“y形”反应区由“y形”通道和圆柱形腔室组成,每个“y形”腔室由一个小的通道连接。
一旦液体进入检测区域,将首先填满“y形”通道,直到装置被轻微扭捏才会流入到装载有RPA反应物的圆柱形腔室。
这种设计可以建立一个物理分区,许可每个室形成一个独立的环境,避免液体流动造成的交叉污染。

该团队在多重检测中,针对人型结核分枝杆菌(MTB)、 结 核 分 枝 杆 菌 复 合 群(MTBC)、分枝杆菌(MB),分别设计 RPA 特异性引物。
该芯片不仅能识别结核/非结核传染,还能区分人结核分枝杆菌/牛结核分枝杆菌。

图 | Fd-MC(来源:受访者)

在操作时,把经由前处理的痰液或者咽拭子加到进样口,依次用手指按压两个弹性膜。
然后,将芯片置于 37-42℃的温度,20 分钟之内即可实现核酸等温扩增。
测试完之后,将芯片置于设计的小型读取设备中,并用手机App进行拍照,通过荧光显色,表明受测者是否患有结核,乃至还能检测结核的亚型。

总的来说,Fd-MC能够实现芯片上的“样本输入和结果输出”,集成了包括从结核病病原体中提取DNA、基于RPA(重组酶聚合酶扩增)的荧光可视化的多个操作步骤。

图 | 基于核酸等温扩增的手指驱动衰落流控芯片(Fd-MC)快速检测结核杆菌的事理示意图(来源:受访者)

37个样本,全部检讨精确

Fd-MC通过37个临床样本进行了验证,包括奇美拉分枝杆菌、鸟分枝杆菌、胞内分枝杆菌、戈登分枝杆菌和脓肿分枝杆菌,以及由中国四川大学华西医院供应的20份临床阳性痰样本,和康健志愿者们捐赠的10份康健痰样本。
所有临床样本均经华西医院经伦理批准确认。

验证结果表明,与商业实时荧光RPA比较,在对37个临床样本的检测中,Fd-MC得到了100%的特异性(示正确检测阴性样本的能力),敏感度(示正确检测阳性样本的能力)为95.2%。

图 | Fd-MC 对临床结核病样本诊断的验证(来源:受访者)

与其他须要外部驱动泵或离心的微流控装置不同,Fd-MC通过手指按压驱动液体流动的办法,对样本进行DNA固相提取和RPA扩增,操作大略快捷,肃清了对技能职员的须要。

Fd-MC的一个显著卖点是其较低的本钱。
以GeneXpert为例,这种大型仪器的本钱为17500美元,年度掩护费为1800美元,大大限定了在偏远地区的运用。
比较之下,Fd-MC所需材料包括微流控芯片、RPA缓冲液、酶和引物在内的所有元素,总本钱小于8美元。
而且,Fd-MC的检测速率快,包括DNA提取和RPA扩增的总韶光掌握在30min内(qPCR常日是2小时),这有利于结核病的快速筛查。

在未来,常凌乾团队也考虑将Fd-MC和数字RPA的结合可以准确地定量DNA浓度。
通过将RPA试剂分配到带有微孔阵列的芯片中,经由RPA反应后,检测发出荧光的孔(阳性孔)。
对付低浓度的DNA模板,阳性孔的数量低于高浓度的DNA模板。
因此,可以通过计数阳性孔的数量进行定量剖析,从而识别低浓度的病原体。

总的来说,该团队设计了一款手指驱动式的微流控芯片,该通用的POC平台有望在资源有限的环境中,进行快速、现场、大规模的传染性病原体筛查。

该技能已启动转化落地

2020年初,疫情的溘然拜访,导致大量样本等待筛查。
为此四川省启动了紧急重点专项,并由四川大学生物治疗国家重点实验室教授耿佳,和华西医院实验医学科主任应斌武一起牵头,联合北航常凌乾团队,开始了新冠病毒核酸检测的紧急奇迹,并随着互助研究的深入,逐渐延伸到其他种类的病原体检测。

双方此前也在技能转化方面进行了长期互助。
论文和专利公开往后,该技能已开始寻求技能转化。

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