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一作解读 | 660K芯片在多倍体小麦分子标记选择中具有巨大潜力_芯片_小麦

萌界大人物 2024-11-30 04:15:54 0

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2月17日,河南农业大学陈锋教授课题组在植物科学著名期刊《Plant Biotechnology Journal》上揭橥了题为“The Wheat 660K SNP array demonstrates great potential for marker‐assisted selection in polyploid wheat”的研究综述,就小麦分子育种领域常见的7款芯片进行了系统评估。

图1 基因分型平台及其在分子标记赞助育种中的运用

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作者系统剖析了小麦分子育种领域常见的7款芯片(9K、15K、90K、55K、660K、35K、820K),在芯片SNP数目、分布、密度、关联的基因数、杂合度和运用等方面的剖析结果表明,小麦660K芯片包含数目最高的有准确物理位置的基因组特异SNP位点(99.05%)(图2)。

图2. 常用小麦芯片中具有可靠物理位置SNP在小麦染色体上的数量分布

常用芯片中可靠SNP染色体在小麦不同染色体上的均匀度剖析表明,小麦660K芯片在所比较的几款芯片中均匀度最高,险些没有灰白色区域(图3)。

图3. 常用小麦芯片中具有可靠物理位置SNP在小麦染色体上的均匀度分布

注:灰白色区域代表SNP密度较低或缺少

进一步剖析创造,小麦660K芯片中有229,266个SNP位于66,834(63.52%)个注释基因内或其启动子区域,这些注释基因险些包含了所有由其他常用芯片检测到的注释基因,包含比例分别为97.44%(35K), 99.73%(55K), 86.9%(90K),85.3%(820K)(图4),因此,小麦660K芯片在一定程度上可以替代剩余的6款芯片。
作者同时还剖析了各款芯片的价格及近年来的文章揭橥利用情形。
综述所述,小麦660K芯片可靠性好、成效高,可能是近年来小麦分子标记赞助育种的最优选择,并具有广阔的运用前景。

图4. 各款芯片检测到的重叠注释基因数目

河南农业大学孙丛苇博士为本文第一作者,陈锋教授为通讯作者。
干系研究受到国家重点研发操持项目(2016YFD0101802),)、NSFC-国际互助项目(3181101544)和NSFC-河南联合基金重点项目(U1804234)的帮助。

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