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干货:九大年夜测序平台比拟_碱基_核苷酸

萌界大人物 2025-01-04 13:29:17 0

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1.Sanger

2.454

干货:九大年夜测序平台比拟_碱基_核苷酸 干货:九大年夜测序平台比拟_碱基_核苷酸 通讯

3.Solid

干货:九大年夜测序平台比拟_碱基_核苷酸 干货:九大年夜测序平台比拟_碱基_核苷酸 通讯
(图片来自网络侵删)

4.HiSeq2000

5.Helicos

6.DNA Nanoball array

7.The PacBio RS system

8.PGM

9.MiSeq

sanger

企业:Life Technology

推出韶光:1977年发明,1986年第一台商业化测序仪

主流型号:3730XL

样品哀求:PCR产物:浓度≥50ng/ul 体积≥10ul;质粒:含量≥5ug;菌液:体积≥1ml。

测序事理:

双脱氧链终止法:Sanger法测序的事理便是,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)使之扩增,并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)使之终止。
由于ddNTP缺少延伸所须要的3‘-OH基团,使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止,终止点由反应中相应的双脱氧而定。
每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调度,使反应得到一组长几个至千以上个,相差一个碱基一系列片断。
它们具有共同的起始点,但终止在不同的的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。

文库制备:无需建库,供应质粒、菌液、PCR产物等均可以

模板制备:PCR扩增

读长:500-1000bp

测序通量:

四种测序办法的每天通量:

短片段测序36cm36min500bp 1,728,000bp/day;

快速测序36cm60min700bp 1,440,000bp/day;

标准测序36cm90min800bp 1,113,000bp/day;

长片段测序50cm120min1100bp 1,002,000bp/day。

(36cm指毛细管长度,36min指一次反应韶光,500bp指一个反应的读长;)

韶光/run:36 min-2 hours

碱基精确度:99.999%

变异检测能力(DNA重测序方面):

heterozygous insertions and deletions,microsatellite, SNP, AFLP, T-RFLP,and LOH analyses

AFLP:扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism),;

T-RFLP:限定性片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism);

LOH analyses:杂合性缺失落(Loss of Heterozygosity);

本钱:$95,000 per machine, about $4 per reaction, 800bp per reaction,

数据格式:.bcf ; .abl

剖析软件:

数据网络软件Data Collection v2.0 (随机供应)

Manages your instrument setup, controls instrument operations, allows real-time data visualization, and performs diagnostics. New features include:

- Auto-analysis with GeneMapper® v3.5 and SeqScape® v2.1

- FDA 21CFRpart 11 compliance (for US customers)

- Flexibility to use any choice in dye set option

- Additional optimized sequencing run modules covering more applications

序列剖析软件Sequencing Analysis v5.1

Designed to base-call; assign quality values; trim, display, edit and print DNA sequencing data using the KB basecaller

序列拼接和比较基因剖析软件Seqscape® v2.1

Provides everything you need to perform resequencing applications such as VariantSEQr™ Resequencing System

自动化基因片段剖析软件GeneMapper® v3.5

Enables configurable, automated allele calling -- a plus for high-throughput genotyping and includes tools for SNPlex™ data analysis

SNP分型数据管理软件BioTrekker™ v1.0 (optional data-mining tool)

Provides a fast, powerful way to search for, retrieve, and manage millions of genotypes

优点:测序金标准,读长长

缺陷:通量低,本钱高

经典案例:Sanger测序属于测序技能的金标准,文章浩瀚

备注:鉴于测序本身方法的局限,测序引物后10bp~40bp无法担保准确

454

企业: Roche

推出韶光: 2005年

主流型号: Genome Sequencer FLX Titanium(2008年推出)

样品哀求: 5 μg of DNA,浓度≥300 ng/μL

测序事理:焦磷酸测序

在测序时,利用了一种叫做“Pico TiterPlate”(PTP)的平板,它含有160多万个由光纤组成的孔,孔中载有化学发光反应所需的各种酶和底物。
测序开始时,放置在四个单独的试剂瓶里的四种碱基,依照T、A、C、G的顺序依次循环进入PTP板,每次只进入一个碱基。
如果发生碱基配对,就会开释一个焦磷酸。
这个焦磷酸在各种酶的浸染下,经由一个合成反应和一个化学发光反应,终极将荧光素氧化成氧化荧光素,同时开释出光旗子暗记
此反应开释出的光旗子暗记实时被仪器配置的高灵敏度CCD捕获到。
有一个碱基和测序模板进行配对,就会捕获到一分子的光旗子暗记;由此逐一对应,就可以准确、快速地确定待测模板的碱基序列。

文库制备:Fragment(300-800 bp), Mate-pair

模板制备:微乳液PCR

读长:400bp

测序通量:0.4-0.6 Gb/run

韶光/run:10 hours

碱基精确度:Q20读长为400个碱基

变异检测能力(DNA重测序方面:SNP, Indel, SV, CNV

本钱:仪器$500,000/台,测序$5,600 per whole plate

数据格式:Raw data:SFF格式

剖析软件:GS De Novo Assembler软件;GS Reference Mapper软件;GS Amplicon Variant Analyzer软件

优点:突出上风是读长长,使得后继的序列拼接事情更加高效、准确。
速率快,一个测序反应耗时10个小时,得到4-6亿个碱基对。

缺陷:无法准确丈量同聚物的长度,以是检测插入缺失落突变的偏差率高;通量小且用度高。

经典案例:1.Complete Khoisan and Bantu genomes from southern Africa.Schuster SC et al. (2010) Nature 463(7283): 943-7.

(更多详见https://www.roche-applied-science.com/sis/sequencing/genome/index.jsp)

备注:特殊适宜从头拼接和宏基因组学运用,多用于新的细菌基因组。
对重测序来说太贵,不适宜

Solid

企业: Life Technology(2008年,ABI与Invitrogen合并为Life Technology公司)

推出韶光: 2007年

主流型号: Solid™4.0(2010年推出)

样品哀求:

• Fragment文库10 ng-5 μg

•Paired-end文库10 ng-5 μg

•Mate-paired文库5 μg-20 μg

测序事理: 边连接边测序

测序引物与接头可以互补杂交,其5‘端可与和临近序列互补的寡核苷酸相连。
八聚体寡核苷酸可竞争性与引物相连接(该寡聚体的第四位和第五位为荧光标记位点)。
当其标记颜色被读取后,即将连接上的寡核苷酸在第五位和第六位之间割断,以移除标记,进行下一轮反应,以此依次循环。
在第一轮反应中,可以得到确定的碱基位点为:4、5、9、10、14、15位碱基等。
重复该反应过程,偏移一位碱基,利用较第一轮少一个碱基的引物进行反应,可以确定的碱基位点包括:3、4、8、9、13、14等,如此往来来往,直至偏移至引物的第一个碱基(即待测序列0位点碱基)。
由于该位点碱基已知,可通过读取的荧光颜色得知位点1的碱基类型,然后,又以位点1碱基荧光颜色推知位点2的碱基类型,依此类推,直至全体序列读序完成。

文库制备:

• Mate-paired 文库 (插入片段 600 bp to 10 Kb)

• Paired-end 文库

• Fragment 文库

模板制备: 微乳液PCR

读长: 250 bp

测序通量: 100-120 Gb/run, 12G/day

韶光/run: 7~12 days

碱基精确度: 原始碱基数据的准确度大于99.94%,而在15X覆盖深度时的准确度可以达到99.999%

变异检测能力(DNA重测序方面): SNP, Indel, SV, CNV

本钱: 仪器$495,000/台,测序$6000/100Gb

数据格式: Raw data: csfasta和quel;比对输出格式:BAM/SAM。

剖析软件: 剖析软件:Bioscope,比对后格式有很多第三方软件支持

优点: 高准确性,每个DNA碱基检测2次,增加了序列读取的准确性

缺陷: 运行韶光长,检测碱基更换突变的偏差率高

经典案例: SOLiD测序技能仅在DNA运用揭橥的文章共60篇,包括揭橥在Science/Nature及其子刊上的高水平文章15篇,个中de nove sequencing文章3篇,targeted resequencing文章26篇,whole genome resequencing文章31篇。
SOLID在RNA和表不雅观等文章运用也同样广泛。

备注: 行业领先的准确性实现了主要的生物变异检测,适宜全基因组重测序、定向重测序和全转录组剖析等运用。

HiSeq2000

企业: Illumina

推出韶光: 2010/1/1

主流型号: Illumina HiSeq2000

样品哀求: 6ug/sample,无RNA、蛋白污染,无降解,OD260/OD280=1.8-2.0

测序事理: 边合成边测序

这种测序技能通过将基因组DNA的随机片断附着到光学透明的表面,这些DNA片断通过延长和桥梁扩增,形成了具有数以亿计cluster的Flowcell,每个cluster具有约1000拷贝的相同DNA模板,然后用4种末端被封闭的不同荧光标记的碱基进行边合成边测序。
这种新方法确保了高精确度和真实的一个碱基接一个碱基的测序,打消了序列方面的分外缺点,能够测序同聚物和重复序列。
This technology attach random fragment of genome DNA to optically transparent surface.And by extention bridge amplification of the DNA fragments,it create a flow cell with > 10 million clusters, each containing ~1,000 copies of same template. Then sequence by synthese using four kind of terminal-closed base with different fluorescent mark. This technology assures the high accuracy and one by one base sequencing, avoids special mistakes of sequence and can be applied for repeated sequence and homopolymer.

文库制备: Fragment, Mate-pair (200bp-40kb)

模板制备: 桥式扩增

读长: 50SE,91PE,101PE 等

测序通量: 25G/day

韶光/run:

91/101PE, 8-10 days ;

50SE, 3 days;

150PE, 15 days;

总体来说,策略不同,韶光也有差别

碱基精确度: Q30%≥80%;Q20%≥90%

变异检测能力(DNA重测序方面): SNP、Indel、SV、CNV

本钱: $690,000 per machine , $6000 per human genome sequencing(30X)

数据格式: 测序结果:.fq;比对:。
SOAP/.BAM/.SAM;变异:.gff

剖析软件: GenomeStudio或者第三方软件包;自主选择

优点: 通量大,测序办法灵巧,剖析软件多样化

缺陷: 在本钱上目前高于第三代测序,样本制备过程繁芜,样本哀求相对 较高。

经典案例: Initial genome sequencing and analysis of multiple myeloma.Chapman MA,et al.Nature. 2011 Mar 24;471(7339):467-72.

Cytoplasmic intron sequence-retaining transc ripts can be dendritically targeted via ID element retrotransposons.Buckley PT,et al.Neuron. 2011 Mar 10;69(5):877-84.

Identification of fusion genes in breast cancer by paired-end RNA-sequencing.Edgren H,et al. Genome Biol. 2011 Jan 19;12(1):R6.

Genome-wide association mapping to candidate polymorphism resolution in the unsequenced barley genome.Cockram J,et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Dec 14;107(50):21611-6. Epub 2010 Nov 29.

MHC class II transactivator CIITA is a recurrent gene fusion partner in lymphoid cancers.Steidl C, et al.Nature. 2011 Mar 17;471(7338):377-81. Epub 2011 Mar 2.

Tumour evolution inferred by single-cell sequencing.Navin N,et al.Nature. 2011 Apr 7;472(7341):90-4. Epub 2011 Mar 13.

备注: 是目前市场上最主流的测序仪器,demo case浩瀚;其余,The additional benefit is experimental flexibility- applications that require different read lengths can be run on each flowcell – an example is that a whole genome sequencing and de novo sequencing study (eg. Of human and microorganism) could be run on one flowcell at 2 x 100bp reads, and the other could be running ChIP-seq and gene ex pression samples at 1 x 50bp read length. Each flowcell is controlled independently; hence, a run can be started/stopped independent of the other.

Helicos

企业: Helicos Biosciences

推出韶光: 2008年

主流型号: HeliScope™ Single Molecule Sequencer(2008年推出)

样品哀求: 1-3 μg,起始DNA体积不超过100 μL.

测序事理: 边合成边测序,可逆阻断测序

待测DNA被随机打断成小片段,在每个小片段(~200 bp)的末端加上poly-dA,并于玻璃芯片上随机固定多个poly-dT引物,其末端皆带有荧光标记,以利于精确定位。
首先,将小片段DNA模板与检测芯片上的poly-dT引物进行杂交并精确定位,然后逐一加入荧光标记的末端终止子。
这个终止子与Illumina的终止子可不一样,不是四色的,是单色的,也便是说所有终止子都标有同一种染料。
在掺入了单个荧光标记的核苷酸后,洗涤,单色成像,之后切开荧光染料和抑制基团,洗涤,加帽,许可下一个核苷酸的掺入。
通过掺入、检测和切除的反复循环,即可实时读取大量序列。
末了以软件系统赞助,可剖析出完全的核酸序列。

文库制备: Fragment, Mate-pair

模板制备: 单分子检测

读长: 25-55 bp,均匀35 bp

测序通量: 21 to 35 Gb/run

韶光/run: 8 days

碱基精确度: >20X覆盖度时同等性超过99.995%

变异检测能力(DNA重测序方面): SNP, CNV

本钱: 仪器$999,000/台,测序$0.45-0.60/Megabase.

数据格式: Raw data:srf或者sms格式

剖析软件: 推举用Helisphere开放资源软件进行过滤比对

优点: 真正的单分子测序,无需前期扩增,不引入倾向性;特殊适宜RNA-Seq或RNA直接测序的运用,由于它能直接测序RNA模板,而无需将其转化成cDNA。
检测碱基更换突变的偏差率非常低,~0.2%。

缺陷: 缺点率高,Insertion 1.5%,Deletion 3.0%;Heliscope在面对同聚物时也会碰着一些困难,但可以通过二次测序提高准确度;由于在合成中可能掺有未标记的碱基,因此其最紧张的缺点来源是缺失落。

经典案例: 1.Single-molecule sequencing of an individual human genome.

Dmitry Pushkarev,Norma F Neff & Stephen R Quake.Nat Biotechnol, 27. (9): 847-852.

(更多详见

http://www.helicosbio.com/HeliSphereCenter/PublicationsLibrary/HelicosScientificPublications/tabid/169/Default.aspx)

备注: 特殊适宜RNA-Seq或RNA直接测序的运用

DNA Nanoball array

企业: Pacific Biosciences

推出韶光: 2009年底Science论文揭橥,2010年推出

主流型号: DNA Nanoball array

样品哀求: DNA 由

PicoGreen定量:推举10ug,最少7.5ug。
浓度:75-150ng/ul;体积:50-200ul;DNA长度:大分子量双链基因组DNA,大部分超过20kb.

测序事理: 边连接边测序

采取了高密度DNA(玻璃板)纳米芯片技能和非连续、非连锁联合探针锚定连接(cPAL)技能来进行测序。
基因组随机打断成500bp随机长度的片段,两端接上接头,成环,限定性内切酶酶切,重复2次,终极连接成一个DNA环,现阶段4接头建库方法能够支持70bp单端测序(35bp双端测序)。
接着,所示,每个DNA环在反应液中高速扩增,形成一个纳米球(DNB),这样每一个DNA环大约扩增了200次。
然后把这些纳米球平铺到预先处理过的玻璃板上,形成纳米芯片。
末了通过非连锁联合探针锚定连接(cPAL)技能进行测序,10bp长的探针上有一个锚定碱基(A or T or G or C),其他位置都是N,通过与模板的杂交连接反应,根据4种不同的碱基(A/T/G/C)会有四种不同的荧光旗子暗记,统共须要40种不同的锚定探针。
每一种锚定探针杂交之后都会进行洗脱。
通过DNB芯片的荧光显影结果及解码剖析,我们可以确定每个DNB的核酸序列。

文库制备: 500bp

模板制备: 纳米球(DNB)

读长: 35PE

测序通量: 20-60G/run/flow slide,共18 个flow slide

韶光/run: 9 days

碱基精确度: 99.999%

变异检测能力(DNA重测序方面): SNP、Indel、SV、CNV

本钱: 只供应测序做事,不出售仪器。
09年11月的WGS本钱为$1726 (45×),$8005 (87×)

数据格式: 根本文本格式,.tsv。
可交付结果包括:序列变异、功能注释、数据总结报告 及一整套上述结果的支持数据。

数据由三部分组成,紧张部分是reads和mappings,其次是assambly 和variations,summary report最少

剖析软件: Genome comparison tools

Format conversion tools

Annotation tools

Reference tools

,在开拓中的还有用于癌症基因组剖析的肿瘤-正常样本比对工具和用于家族基因组剖析的工具,还有大规模比对工具可以同时比对数百个基因组。
Complete Genomics Assembly Pipeline version 1.5.0

优点: 测序自动化,本钱低,通量大

缺陷: 读是非,剖析软件不公开,样品哀求高

经典案例: Identification by whole-genome resequencing of gene defect responsible for severe hypercholesterolemia. Jonathan Rios, et al. Human Molecular Genetics, Volume19, Issue22 Pp. 4313-4318.

Human Genome Sequencing Using Unchained Base Reads on Self-Assembling DNA Nanoarrays.Radoje Drmanac1,et al. Science, Vol. 327 no. 5961 pp. 78-81 .

Analysis of Genetic Inheritance in a Family Quartet by Whole-Genome Sequencing. Jared C. Roach,et al. Science, Vol. 328 no. 5978 pp. 636-639

The mutation spectrum revealed by paired genome sequences from a lung cancer patient.William Lee,et al.Nature ,Volume:465, Pages: 473–477

备注: mapping reads:40X/genome

The PacBio RS system

企业: Pacific Biosciences

推出韶光: 2010年2月开始早期试用

主流型号: PacBio RS

样品哀求: 1kb以下500ng,纯化的基因组 DNA, BACs, cDNA 文库 或PCR 产物

测序事理: 边合成边测序,single molecule, real-time, or SMRT™, technology

这项技能的核心在于利用了Zero-Mode Waveguide(ZMW)(零波段边界)。
测序的平台上有几万个小井,单个DNA聚合酶和要测序的DNA链固定在每一个小井里。
带有荧光标记的脱氧核苷酸(A,T,C,G)被加入到每个小井里。
每一种脱氧核苷酸在激化后分别能放出不同波长的荧光。
小井的底部开了一个非常小的孔,小到比探测激光的单个波长还要短。
根据我们的知识,这个孔太小了,激光无法从井的底部穿过去,从而无法引发脱氧核苷酸上的荧光物质。
应此,底部的显微镜检测到的是一片阴郁。
但是我们知道光芒是一种波,它会衍射,激光虽然不能完备穿过小孔照亮全体小井,但它能透过小孔而勉强照亮小孔附近很小的一个区域。
而DNA聚合酶恰好被固定在这个小区域。
当有单个脱氧核苷酸加载在DNA聚合酶上形成新的化学键时,这个脱氧核苷酸上的荧光物质被激活而发光,从而被显微镜不雅观测到。
这种特定颜色的荧光只持续一小段韶光,应为这个碱基在DNA链上合成之后,它的荧光基团就会被剪切掉,从而连续下一个碱基的合成。
当DNA链合成结束之时也是DNA链测序完成之时。
但DNA聚合酶的活性会在激光照射下逐渐减弱,不能无限长度的进行合成反应,因此DNA链的测序长度也是有限的。

文库制备: Fragment, Mate-pair (250bp-6kb)

模板制备: SMRTbell™ library, 无需常规扩增,1kb以下的文库只须要500ng样品

读长: 1000bp

测序通量: 高灵巧性的测序通量

韶光/run: 模板制备到 primary basecall analysis只需不到一天,一样平常只须要不到4个小时.

碱基精确度: 准确率社会评价不高,2011年1月揭橥的NEJM杂志(关于海地霍乱的测序)在其supplementary提到它的单碱基准确率只有81-83%。

关于其准确率的社会评价不好,有网站称其准确度很差,单次测序均匀缺点率15%,循环测序后降至8%

变异检测能力(DNA重测序方面): SNP、Indel、SV、CNV,可以直接进行甲基化等润色测序,方便表不雅观研究

本钱: $700,000 per machine,$99 per SMRTTMCell, each patterned with 15,000ZMW, each ZMW contain a single DNA polymerase.

数据格式: bas.h5 – Base File and Filtered Bases File - Documentation

cmp.h5 – Reference Mapped File and Consensus File - Documentation

剖析软件: mapping:BLASR (Basic Linear Alignment with Successive Refinement);组装:ALLORA (A Long Read Assembler);SNP 和Indel : RCCS (Reference Circular Consensus Sequencing) 客户端软件:SMRT Portal;供应:experiment specific, data-rich reports in industry-standard output formats containing both primary and secondary analysis data。
可以利用第三方软件。

优点: 读长长;无需PCR扩增,也避免了由此带来的bias;须要的样品量很少;样品制备韶光花费少;用RS系统可以远程快速获取数据和选择测序参数;通量灵巧;韶光快

缺陷: 准确性低,须要循环测序,

经典案例: The Origin of the Haitian Cholera Outbreak StrainChen-Shan Chin,et al.N Engl J Med 2011; 364:33-42January 6, 2011.

Real-Time DNA Sequencing from Single Polymerase Molecules.John Eid, et al.Science 2 January 2009:

Vol. 323 no. 5910 pp. 133-138

DOI: 10.1126/science.1162986

备注: 1.在样品制备好后,有一个run design的步骤,可以在客户电脑上用RS remote 软件来自主选择运行办法和后续的个性化剖析做事,以及第一韶光接管测序数据2.截止2011年5月份已正式发售了多台RS测序仪,个中包括美国国家生化防卫剖析与对策中央(NBACC)和冷泉港实验室。

PGM

企业: Ion Torrent

推出韶光: 2010年

主流型号: Ion Personal Genome Machine™(2010年)

样品哀求: 5 µg DNA,起始DNA体积不超过130µL

测序事理: 半导体芯片测序

该测序仪利用了一种高密度半导体小孔芯片。
该芯片置于一个离子敏感层和离子感想熏染器之上,每当有核苷酸分子被掺入时就会开释出质子,而离子感想熏染器就会感想熏染到这种旗子暗记,知道是哪一个核苷酸被掺入,从而读出DNA序列。

文库制备: Fragment(185–210 bp)

模板制备: PCR扩增

读长:

314芯片,100 bp;

316芯片,100bp;

318芯片,200 bp。

测序通量:

314芯片,10 Mb/run;

316芯片,100 Mb/run;

318芯片,1Gb/run。

韶光/run: 2 hours

碱基精确度: 同等性超过99.99%,>99.5% raw accuracy.

变异检测能力(DNA重测序方面): SNP, Indel

本钱: 仪器$50,000 /台,测序$500/run

数据格式: 标准的SFF或者FASTAQ格式

剖析软件: 一系列商业软件进行变异检测,denovo组装

优点: 无以伦比的快速,2个小时完成测序事情;Ion Torrent的化学测序事理自然大略,无润色的核苷酸、无激光器或光学检测设备,因而可达到极小的测序偏差和出色的测序覆盖均衡度。

缺陷: 测序通量目前还不足大,增加半导体芯片的容量将有望提高测序仪的处理能力。

经典案例: 1德国大肠杆菌疫情爆发之后,华大基因利用第三代测序仪——Ion Torrent进行了该大肠杆菌的全基因组测序。
在获罹病毒样本后三天的韶光内,华大基因完成了对该新型大肠杆菌的基因组测序。
经由初步信息剖析,创造该菌株是一种新的兼具侵袭、产毒、肠出血等特色的大肠杆菌。

备注: 特殊适宜微生物基因组测序及扩增子重测序

MiSeq

企业: Illumina

推出韶光: 2011年

主流型号: MiSeq Personal Sequencing System(2011年)

样品哀求: 利用Nextera,50 ng DNA;利用TruSeq,100 ng–1 µg DNA

测序事理: 边合成边测序

这种测序技能通过将基因组DNA的随机片断附着到光学透明的表面,这些DNA片断通过延长和桥梁扩增,形成了具有数以亿计cluster的Flowcell,每个cluster具有约1000拷贝的相同DNA模板,然后用4种末端被封闭的不同荧光标记的碱基进行边合成边测序。
这种新方法确保了高精确度和真实的一个碱基接一个碱基的测序,打消了序列方面的分外缺点,能够测序同聚物和重复序列。

文库制备: Fragment

模板制备: 桥式扩增

读长:

135 bp

2100 bp

2150 bp

测序通量:

135 bp >120 Mb/run

2100 bp >680 Mb/run

2150 bp >1 Gb/run

韶光/run:

扩增测序总韶光:

135 bp 4 hours

2100 bp 19 hours

2150 bp 27 hours

碱基精确度:

>90% bases higher than Q30 at 135 bp

>80% bases higher than Q30 at 2100 bp

>75% bases higher than Q30 at 2150 bp

变异检测能力(DNA重测序方面):

本钱: N/A

数据格式: 仪器$125,000/台,测序$750/run

剖析软件: .bcl, FASTQ, BAM, .vcf和.csv.

优点: 样品制备大略快速,在一台仪器上完成测序和数据处理;可靠的化学方法,可逆中止碱基边测序边合成法

缺陷: N/A

经典案例: N/A

备注: 特殊适宜扩增子测序、克隆检讨和小基因组测序。

来源:生物文摘

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