\"育芯一号“170k芯片让我国牛育种更简单_基因组_芯片

康普森牛“育芯一号”170K芯片

全新发布！

01 产品先容

"育芯一号“170k芯片是北京康普森农业科技有限公司在奶牛和肉牛全基因选择准确性和覆盖度提升方面不断探索，开拓出的一款针对奶牛、肉牛的高密度SNP分型芯片。

该芯片超过170,000个SNP并均匀覆盖牛全基因组，可更准确地运用到遗传上风评估、全基因组选择育种、比较遗传学、基因挖掘研究等方面。

以往的基因组芯片很多方面已经无法知足我们现阶段的生产育种和科学研究的需求：

02“育芯一号”上风

1、最新参考基因组: UCSC Genome Browser assembly ID: bosTau9

2、更高的覆盖度，SNP均匀间距小于16Kb

3、加入了科学家最新的研究成果

4、覆盖主要优秀的功能位点的根本上也增加了遗传毛病的干系基因

5、检测技能更灵巧和方便

6、价格更具有上风

7、参考群来自中国的群体，更适宜中国牛群

8、可以与之前50K、777K、150K芯片进行很好的添补

9、设计芯片参考群：中国荷斯坦牛（黑白花牛）、荷斯坦牛、娟姗牛、弗莱维赫牛、西门塔尔牛、草原红牛、安格斯牛、新疆褐牛、秦川牛、利木赞牛

03 位点来源和制式

（1）重测序数据：涵盖多个奶牛、肉牛品种，共386个重测序样本，154K位点。

（2）经济性状干系SNP位点，利用已有GWAS 等关联剖析研究结果，涵盖产奶、奶质、成长、疾病、繁殖、肉质等经济性状的8KSNP位点。

（3）遗传毛病干系性SNP位点，2K位点与遗传疾病、致去世和流产干系。

（4）纳入了海内和国际最新的研究文献中6K位点。

04部分功能基因列表

名称

SESN2:sestrin 2

AcylCoA:diacylglycerol acyltransferase

Beta casein 118

Beta casein 151

Beta casein 154

Beta casein 322

Beta casein 363

Beta casein 411

Beta casein 500

Kappa casein 92

Kappa casein 342

Kappa casein 352

Kappa casein 373

ATP binding cassette sub family G member 2

Beta lactoglobulin

Diacylglycerol

Growth hormone receptor

Kappa Casein C

Beta casein A2/A3

Kappa Casein GNSC319

ribosomal protein L23a

fructose-bisphosphatase 2

HSF1:heat shock factor 1

C-X-C motif chemokine ligand 8

EEF1D:elongation factor 1-delta

Dilutor

Endothelial PAS domain- containing protein 1

Horned/polled celtic mutation and Frisian haplotypes

Calpain 1 CAPN1_530

Calpastain CAST_282

Calpastain CAST_2870

Calpastain CAST_2959

FactorXI

PLAG1

HDR, HH1, HH2, HH3, HH4, HH5, HHP

Holstein dominant red coat

MC1R_Ed

PMEL17 64G_A

05 遗传毛病列表

名称

collagen, type II, alpha 1

solute carrier family 39 (zinc transporter)

ectodysplasin A

molybdenum cofactor synthesis 1

sulfite oxidase

mitofusin 2

collagen, type VII, alpha 1

coagulation factor XI

GDNF family receptor alpha 1

glucosidase, alpha; acid

phosphorylase, glycogen, muscle

thyroglobulin

coagulation factor VIII, procoagulant component

hephaestin-like 1

glycine receptor, alpha 1

ceroid-lipofuscinosis, neuronal 5

chloride channel, voltage-sensitive 7

sex determining region Y

isoleucyl-tRNA synthetase

NHL repeat containing 2

ATPase, Ca++ transporting, cardiac muscle, fast twitch 1

mannose receptor, C type 2

RAS guanyl releasing protein 2

flavin containing monooxygenase 3

molybdenum cofactor sulfurase

apoptotic peptidase activating factor 1

structural maintenance of chromosomes 2

phosphoribosylglycinamide formyltransferase

CWC15 spliceosome-associated protein

sex hormone-binding globulin

solute carrier family 37 (glucose-6-phosphate transporter)

BLAD

Crooked tail syndrome CTA_AG

Crooked tail syndrome CTS_C>T

Chediak-Higashi syndrome

SMA_3

Maple syrup urine disease (MSUD)

Citrullinemia

Deficiency of uridine monophosphate synthase (DUMPS)

06 芯片位点分布情形

芯片位点分布图

芯片SNP位点均匀分布，覆盖全染色体组，能很好进行全基因组遗传评估及位点挖掘事情。

群体进化和PCA图

群体进化和PCA图

芯片选取了重测序中质量及多态性高的位点，可以很好的进行群体进化、品种鉴定等研究。

芯片之间添补效果

添补准确度

Genomic Profiler Bovine_150K to 育芯一号 0.978245

育芯一号 to Genomic Profiler Bovine_150K 0.994237

北京康普森农业作为一家专注于畜禽分子育种做事的国家高新技能企业，成立以来一贯致力于农业基因组的家当转化，紧张做事内容为个性化育种方案制订、畜禽基因组选育、选配策略制订、遗传构造评估、优质品种“基因身份证”开拓、功能基因检测等。
公司具有基因芯片检测平台和生物信息学剖析平台，拥有多年定制芯片和全基因组选育技能运用的项目履历。

目前，公司开拓出涉及猪、鸡、牛、羊、犬等物种基因育种和遗传疾病检测的产品和技能共20余项，与中国农业大学、江西农业大学、南京农业大学、北京畜牧兽医研究所、华中农业大学、赤峰家育、北京养猪中央、四川铁骑力士、广西金陵、佛山新广等多家科研院所和企业达成深度互助。
公司全线产品真正实现了不限位点、不限平台、不限样本量、低本钱、高准确率的目标，为广大客户供应最优的育种办理方案。